Au cœur des Alpes suisses, la vive Heidi, âgée de huit ans, profite de sa vie insouciante aux côtés de son grand-père bourru mais affectueux, entourée de prairies verdoyantes et de hautes montagnes. Lorsque Heidi sauve un jeune lynx blessé d’un piège tendu par le rusé industriel monsieur Schnaittinger, elle le nomme Pepper et le soigne en secret jusqu’à ce qu’il soit rétabli. Mais lorsque les facéties du petit animal attirent une attention indésirable, Heidi découvre que les projets de Schnaittinger pour une scierie destructrice menacent non seulement Pepper, mais tout l’écosystème montagneux. Avec son fidèle ami Peter et le toujours loyal Saint-Bernard Joseph, Heidi entreprend une audacieuse expédition nocturne pour ramener Pepper auprès de sa famille dans la nature avant qu’il ne soit trop tard. En chemin, elle est confrontée aux dangers de la nature, à la tentation de la cupidité humaine et à la force de la véritable amitié.