« Vous êtes peut-être dans un jeu, mais vous n'êtes pas là pour jouer. »
Un mois a passé depuis que Sword Art Online, le tout premier MMORPG en réalité virtuelle, a été coupé du monde. Pour dix mille joueurs, toute mort en jeu entraîne inévitablement un décès dans le monde réel. Après avoir terminé le premier palier, Asuna et Kirito continuent l'aventure ensemble, un seul objectif en ligne de mire : vaincre le boss du dernier palier et en finir avec ce jeu macabre. La conquête du château progresse tranquillement grâce à l'aide précieuse d'Argo, une indic, mais un nouveau péril menace les joueurs.
Deux guildes s'investissent pleinement dans la complétion du jeu : ALS, l'Armée de Libération d'Aincrad, et DKB, la Brigade des Chevaliers-Dragons, entre qui une certaine tension s'installe malgré leur objectif commun. En cause, les manigances dans l'ombre d'un mystérieux intrigant...
Alors qu'un nouveau genre de conflit menace les joueurs, Asuna et Kirito devront, bon gré mal gré, régler la situation avant que le pire n'advienne. Car sans unité, jamais les joueurs ne pourront terminer l'Aincrad et retrouver le monde extérieur...