Après s’être installé à Green Hills, Sonic veut prouver qu’il peut devenir un vrai héros. Son test arrive lorsque le Dr. Robotnik et son nouveau partenaire, Knuckles, partent à la recherche d’une émeraude qui a le pouvoir de détruire toute civilisation. Sonic décide de faire équipe avec son acolyte, Tails, et ensemble, ils se lancent dans un voyage pour trouver l’émeraude avant qu’elle ne tombe entre de mauvaises mains.