Suzume is een zeventienjarig meisje dat in het rustige stadje Kyushu woont. Ze ontmoet daar een mysterieuze jongeman die op reis is. Hij is op zoek naar deuren en Suzume volgt hem naar de ruïne van een vervallen gebouw in de bergen. Daar treffen ze een vrijstaande, onbeschadigde deur aan. Aangetrokken door een onzichtbare kracht, reikt Suzume naar de deur en wordt naar binnen gesleurd. Overal in Japan beginnen er andere deuren te openen, wat een reeks van rampen in gang zet. Om ze te stoppen zal Suzume een grootse reis moeten maken en de deuren één voor één sluiten.