Professor Albus Perkamentus (Jude Law) weet dat de duistere tovenaar Gellert Grindelwald (Mads Mikkelsen) de macht over de tovenaarswereld wil overnemen. In zijn eentje kan hij hem niet tegenhouden, dus schakelt hij de hulp in van magiezoöloog Newt Scamander (Eddie Redmayne). Die gaat samen met een team van tovenaars, heksen en een dappere Dreuzel-bakker een gevaarlijke missie aan waarbij ze oude en nieuwe fabeldieren tegenkomen en tegenover Grindelwalds groeiende leger van volgers komen te staan. Maar hoelang kan Perkamentus zich afzijdig houden als er zo veel op het spel staat?